Tutkimusprojektini nyt

Uuden vuoden aluksi ajattelin päivittää lukijoille ja itselleni listan nykyisistä tutkimusprojekteistani ja niiden tavoitteista sekä merkityksestä. Siispä, mitä teen työkseni nyt.

Pääasiallinen projektini tällä hetkellä on leviämiskokeen tulosten analysointi. Käsikirjoitus julkaisua varten on jo alustavasti täydessä mitassa ja tällä hetkellä käyn sitä läpi ohjaajani kommenttien avustuksella. Isona osatehtävänä tällä hetkellä on data-analyysin saattaminen julkaisukuntoon. Olemme tehneet koko analyysin Python-ohjelmointikielellä ja haluamme julkaista tuon koodin sekä datamme samalla kun julkaisemme artikkelin. Datan ja koodin julkaiseminen on toivottavasti nopeasti yleistyvä trendi, joka parantaa tutkimuksen luotettavuutta ja toistettavuutta, kun kuka tahansa voi ladata datan ja toistaa analyysin. Tämä helpottaa huomattavasti mahdollisten virheiden paikantamista kun koko analyysi on täysin läpinäkyvä ja toistettavissa. Toki datan ja koodin julkaiseminen tuottaa vähän lisätyötä, kun ihan mitä tahansa roskakasaa ei halua julkiseksi laittaa, mutta se kannattaa. Oletan että saamme artikkelin lähetettyä arvioitavaksi helmikuun loppuun mennessä.

Toinen pitkälle edennyt projekti on yhteistyössä Tunisialaisten kanssa lajikesekoitusten käyttämisestä tautien torjuntaan. Tunisiassa kasvatettiin harmaalaikulle altista perinteistä suosikkilajiketta kahden uudemman vastutustuskykyisemmän lajikkeen kanssa. Tautitasot putosivat merkittävästi lisäämällä vain yksi neljännes vastustuskykyistä lajiketta alttiin lajikkeen sekaan ja suurempi vastustuskykyisen osuus ei enää parantanut tilannetta. Tässä projektissa olen vastannut analyysistä ja artikkelin kirjoittaminen on pääosin yhteistyökumppaneiden vastuulla. Artikkeli saataneen valmiiksi ennen kesää. Kaiken onnistuessa mukavasti se tulee osaksi väitöskirjaani.

Olen yhteistyössä myös tanskalaisten kanssa. Pyrimme toistamaan eräitä mielenkiintoisia tautioireita tietyissä vehnälajikkeissa ja tutkimaan mikä näitä erikoisia oireita aiheuttaa. Toiveena on selvittää hieman lisää taudin toimintamekanismista ja/tai vehnälajikkeiden vastustuskyvyn perustasta. Sain alustavan kokeen valmiiksi kasvihuoneessa ennen joulua ja raportoin siitä lähiviikkoina kollegoille Tanskaan. Lähetän pian myös materiaalit (vehnät ja tautilinjat) heille. Tämä projekti on aika epävarma julkaisun kannalta, mutta mahdollisesti mielenkiintoinen. Olen mielelläni mukana siinä pienellä panoksellani.

Suunnittelemme aloittavamme pientä mallinnusprojektia nyt keväällä Alexeyn kanssa. Tavoitteena on mallintaa lajin leviämistä  epäyhtenäisessä elinympäristössä ja tutkia tämän seurauksia lajin kelposuudelle. Tällä tiedolla voisi olla käytännöllistä arvoa sekä kasvitautien torjunnassa että uhanalaisten lajien suojelussa. Tavoitteena on saada projekti hyvälle mallille ennen väittelyäni ja Alexeyn siirtymistä saarelle, ja sitten viimeistelllä siitä julkaisu loppuvuoden aikana. Jos päävoitto sattuu kohdalle (eli projekti etenee odotettua nopeammin), niin myös tämä voisi olla osa väitöskirjaani.

Olemme suunnitelleet myös pientä artikkelia perustuen videoihimme harmaalaikun laikkujen leviämisestä ja itiöpesäkkeiden muodostumisesta. Projekti eteni aika vauhdilla kesällä ja meillä on artikkeliin hyvä suunnitelma sekä paljon tekstiä, mutta se on tällä hetkellä jäissä, koska olemme priorisoineet muut projektit sen edelle.

Daniel Crollin ryhmän kanssa Neuchatelissa olemme olleet kiinteästi tekemisissä koko ajan. Heidän kanssaan työstämme katsausartikkelia ja sienten torjunta-aineiden vastustuskyvyn geneettistä analyysiä. He myös sienilinjoja joiden keruuta minä johdin. Tästä yhteistyöstä oletettavasti syntyy yksi tai muutamia artikkeleita tämän tai tulevien vuosien aikana.

Graduohjaajani kanssa työstämme parhaillaan artikkelia graduni pohjalta. Tuo työ on jo aika pitkällä ja se saadaan ehkä maaliin, eli julkaistavaksi, puolen vuoden sisällä.

Olen myös mukana globaalissa itiönäyteprojektissa  Kerään viikoittain kahtena päivänä itiönäytteitä Zürichin ilmasta. Näyteputket lähetän Suomeen analysoitavaksi. Projektissa kerätään itiöitä vuoden ajan ympäri maapalloa ja analysoidaan itiöyhteisön ominaisuuksia eri aikoina ja paikoissa. Projektin vastuuhenkilöt julkaisevat tulokset kun projekti on saatu päätökseen, ja minä olen mukana kirjoittajien listassa.

Viime talvena teimme mielenkiintoisen havainnon eri lamppujen vaikutuksesta lempitautimme menestykseen kasvihuoneessa. Selvitin tätä joulun alla hieman lisää ja tulimme professorin kanssa siihen tulokseen, että tuohon ei kannata investoida enempää paukkuja, koska tulokset ovat hyvin epävarmoja, oletettavasti ei kovin ällistyttäviä ja tarvittava työmäärä olisi suuri. Tämä työ ei myöskään ole kovin lähellä ydinosaamistamme. Kirjoitin kuitenkin tästä pienen tekstin tutkimusyhteisömme nettisivulle toivoen että se inspiroisi jotain toista, mahdollisesti jo valmiiksi vastaavia aiheita tutkivaa, selvittämään ilmiötä pidemmälle.

Joulun alla saimme lopultakin valmiiksi suuren työn vehnälajikkeiden harmaalaikkuvastustuskyvyn geneettisestä perustasta. Isojen lehtikeräysten tuottama data yhdistettynä hyvään geneettiseen dataan auttoi meitä tunnistamaan vehnän genomista uusia alueita ja kandidaattigeenejä, jotka näyttävät selittävän vehnän vastustuskykyä harmaalaikkua vastaan. Tämä työ toivottavasti helpottaa entistä vastustuskykyisempien vehnälajikkeiden jalostamista, ja ehkä joskus tulevaisuudessa hyödyllisten geenien siirtämistä lajikkeista toiseen, kunhan vain EU pääsisi eroon järjettömästä GMO-säännöstöstään. Tämä projekti on julkaistu preprint-palvelimella, eli vertaisarvioimattomana siinä muodossa jossa lähetämme sen arvioitavaksi. Artikkeli julkaistaneen kesään mennessä jossain alan lehdessä, kunhan muodollinen vertaisarviointiprosessi saadaan suoritettua.

Kuten huomaat, puhun jonkin verran projektien julkaisemisesta artikkeleina. Julkaiseminen on tutkijalle elinehto ja julkaisemattomasta tutkimuksesta ei hyödy muut kuin ehkä tutkija itse. Siispä pitää oppia panostamaan projekteihin, jotka johtavat julkaisuun, jotta voi tuottaa hyöytyä tiedeyhteisölle ja ura voi edetä. Valmis projekti on julkaistu projekti. Julkaisulistani löytyy mm. tästä blogista CV-sivulta.

Näiden varsinaisten tutkimusprojektieni lisäksi olen viime vuoden ajan edelleen ylläpitänyt nettisivuamme ja twittertiliä, sekä vertaisarvioinut kaksi artikkelia (kumpikaan niistä ei tosin edennyt julkaisuun, ensimmäistä hyväksyttävää odottelen), sopinut väitöstilaisuuden järjestämisestä ja hankkinut uuden työpaikan. Kaikenkaikkiaan siis loistava vuosi työn puolesta.

Myös yksityiselämässä oli loistava vuosi. Mukavaa onnellista elämää ja yksi pieni pallero lisää perheeseen. 🙂

Anna palautetta, kommentoi sisältöä, esitä kysymyksiä...