Scientific IT Services unterstützt ETH Forschung

Start und Aufbau einer neuen Abteilung für die ETH Forschung.

Die wissenschaftliche IT ist in vielen Forschungsbereichen ein seit langem verwendetes Werkzeug. Neben eigentlichen Forschungsaufgaben, wie dem Entwickeln neuer Algorithmen und Computermodellen, zählt zu diesem Bereich auch ein steigender Anteil an IT-Dienstleistungen. Dazu gehören ebenfalls das Betreiben von Servern für das wissenschaftliche Rechnen sowie das Schreiben und Warten von Software für die Forschung. Diese wissenschaftlichen IT-Dienstleistungen werden bisher zum grössten Teil in den Instituten und Gruppen erbracht. Nun haben die Informatikdienste zur Bündelung dieser Dienstleistungen die neue Abteilung Scientific IT Services (kurz: SIS) gegründet.

High Performance Computing

Der erste Bereich, in welchem entsprechende Aufgaben zentral erbracht wurden, ist das High Performance Computing. Schon im Jahr 2004 nahmen die Informatikdienste den ersten zentralen Beowulf-Cluster «Hreidar» in Betrieb. Dieser Dienst wurde ausgebaut, als im Jahr 2007 die HPC-Gruppe bei den Informatikdiensten geschaffen und im Jahr darauf die erste Generation des Rechenclusters «Brutus» in Betrieb genommen wurde. Diesen Cluster betreibt die HPC-Gruppe heute schon in der dritten Generation. Er wird von Forschenden aus fast allen Departementen der ETH Zürich genutzt. Um der weiter steigenden Nachfrage gerecht zu werden, plant die ID nun den Aufbau eines neuen Rechenclusters namens «Euler», welcher Brutus in naher Zukunft ergänzen wird.

Wissenschaftliche Software, Daten und Workflows

Der Bereich HPC war der erste, aber blieb nicht der einzige, in dem Forschende den Wunsch nach professioneller Unterstützung mit wissenschaftlichen IT-Dienstleistungen äusserten. Im Bereich der Lebenswissenschaften stiegen durch neue und genauere Messmethoden, die verstärkte Verwendung theoretischer, computergestützter Methoden und durch den systembiologischen Ansatz die Datenmengen und die Datenkomplexität exponentiell an. Entsprechend nahm der Aufwand stark zu, diese Daten zu verwalten, zu analysieren, zu visualisieren und zu publizieren. In dieser Situation wurde 2006 das Center for Information Sciences and Databases (kurz: CISD) gegründet, um die Forschenden in diesem Bereich durch das Schreiben wissenschaftlicher Software und insbesondere beim Daten- und Workflow-Management zu unterstützen. Im Jahr 2009 wurde vor demselben Hintergrund das SyBIT-Projekt (Systems Biology IT) von SystemsX.ch gegründet, um die Unterstützung der SystemsX-Forschungsprojekte mit wissenschaftlicher IT schweizweit zu organisieren. SyBIT-Mitarbeitende haben seither auch an der ETH Zürich wesentliche Beiträge beim Aufbau komplexer Datenauswertungs-Pipelines geleistet: Zum Beispiel im Bereich der Massenspektrometrie und des «High Content Screenings».

 

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Dr. Olivier Byrde (links) hält einen Rechenknoten; Dr. Bernd Rinn und Manuel Kohler zeigen ein Foto vom Inneren einer Sequenziermaschine.

 

Die neue ID-Abteilung Scientific IT Services soll diese Dienstleistungen nun bündeln und einem grösseren Kreis von Forschenden − auch aus anderen Bereichen als den Lebenswissenschaften − zugänglich machen. Die Struktur von SIS ist in der Abbildung dargestellt. Die Angebote werden mit den wissenschaftlichen Kunden zusammen weiterentwickelt. Dabei legt SIS Wert auf die Integration der Dienstleistungen und wird, wo möglich und sinnvoll, schon bestehende Dienste nutzen und mit anderen Dienstanbietern zusammenarbeiten.

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Zugang zu den Angeboten von Scientific IT Services

 

Die Dienstleistungen von SIS stehen gegen eine Kostenbeteiligung allen ETH-Forschenden offen. Dafür bietet SIS ein Beteiligungs-Modell an, das analog zu den Beteiligungen am HPC-Cluster Brutus funktioniert, sich allerdings auf Arbeitsleistung von SIS-Experten anstatt auf Rechenleistung bezieht. Die Departemente D-BSSE und D-BIOL haben sich schon in der Konzeptphase entschlossen, sich mit ihren Forschungsgruppen an SIS in dieser Form zu beteiligen. Weitere Departemente und Einheiten haben ihr Interesse an einer Beteiligung angemeldet. Als Ergänzung zum Beteiligungsmodell arbeitet SIS auch auf Projektbasis.

Nachdem in den letzten Monaten hauptsächlich Konzepte ausgearbeitet und unter den Beteiligten abgestimmt wurden, ist der Aufbau der Abteilung Scientific IT Services jetzt am Laufen. Wer sich näher informieren möchte oder Interesse an einer Beteiligung hat, kann sich dafür gerne an Dr. Bernd Rinn wenden.

Kontakt

Dr. Bernd Rinn, Abteilungsleiter ID Scientific IT Services

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